在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了“通缉犯”，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调动的资源已经非常有限，但那不会阻止他们继续为世界的和平与安全而战——毕竟已知的和未知的威胁仍然无处不在。虽然神盾局小组有了新的成员，但……究竟谁才值得信任？
本季神盾局小组加入了新成员Lance Hunter，他是一名充满阳刚气的雇佣兵神射手，机智灵敏。他不是通过层层选拔进入神盾局的，他的眼中只有钱，因此他帮助神盾局小组的真实动机实在令人生疑。
斯凯回到族人的聚集地，她受到族人林肯的救治和照料。在发现斯凯被神秘人带走后，库尔森主动引来冈萨雷斯一伙人的抓捕。在迈克的协助之下，库尔森和亨特夺取一架战机开始寻找斯凯。...
芭比等人发现库尔森有一项代号希特协议的行动，梅在调查时得知了更多秘密。七年前神盾局抓捕异能者，梅孤身闯入大厦营救被劫持的女童，岂料真正拥有邪恶异能的人就是女童。梅为了拯...
西蒙斯坦白真盒子被菲兹带走，岂料梅却将这个消息告诉芭比。菲兹摆脱特工的跟踪和库尔森会合，随后库尔森用消除记忆诱使沃德一起合作对付九头蛇。斯凯和父亲卡离开了族人的居住地，...
戈登带回了斯凯父女，雷纳却预言林肯正身陷险境。库尔森主动和真正的神盾局合作，欲阻止九头蛇在异能人身上做邪恶实验。雷纳预言斯凯救出林肯，随后斯凯回到了库尔森的队伍中。库尔...
库尔森提出合并两个神盾局的提议，并由冈萨雷斯等人监督他担任局长。雷纳的预言异能让她得知一块可能摧毁异人族的外星石头，戈登随后带着她潜入神盾局找到了这块石头。斯凯和林肯回...
库尔森得知异人族发生的事情后命所有人寻找冈萨雷斯，不料异人族的人却在暗中驾驶神盾局的飞机袭击异人族领地，斯凯误以为这是神盾局在向异人族宣战。菲兹发现卡娜骗走芭比一事，此...
异人族的异能者占领了神盾局基地，而贾盈则带来了能置人于死地的水晶。亨特营救芭比却掉入死亡陷阱，芭比为了救他舍身挡子弹。梅巧妙设下骗局，诱使沃德杀死了卡娜。库尔森率人营救...
