在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了“通缉犯”，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调动的资源已经非常有限，但那不会阻止他们继续为世界的和平与安全而战——毕竟已知的和未知的威胁仍然无处不在。虽然神盾局小组有了新的成员，但……究竟谁才值得信任？
本季神盾局小组加入了新成员Lance Hunter，他是一名充满阳刚气的雇佣兵神射手，机智灵敏。他不是通过层层选拔进入神盾局的，他的眼中只有钱，因此他帮助神盾局小组的真实动机实在令人生疑。
1945神盾局从九头蛇的怀特霍尔博士手上缴获神秘物品084，如今神盾局和九头蛇都想再次得到084。神盾局雇佣哈特利三人，而菲兹因落水导致记忆力下降。斯凯审问沃德，得知九头蛇的杀手克里...
亨特逃过死劫被军方抓走，而梅继续监视克里尔。菲兹研究隐形部件，他的情况十分糟糕。准将提出交易，亨特答应交出库尔森。克里尔触碰方尖碑拥有了它毁灭的力量，他力量失控之后误杀...
怀特霍尔博士试图催眠神盾局的33号特工，让她为九头蛇效命。西蒙兹为九头蛇工作，库尔森的造访揭穿了她的卧底身份。吉尔拥有冰冻异能，九头蛇和神盾局都想要拉拢他。九头蛇头目巴克希...
一幅古画历经火灾却安然无恙，而背面出现方尖碑上的字符。库尔森、梅乔装混入宴会偷古画，他们遇到老熟人托尔伯特。宴会是一个骗局，托尔伯特是九头蛇的人，他要求和库尔森合作解释...
海军中几名反对九头蛇的军官死亡，死状很像是方尖碑造成的效果。怀特霍尔用雷纳的性命要挟交出方尖碑，可是斯凯的父亲却对此无动于衷。雷纳用西蒙斯卧底的证据要挟库尔森，希望能够...
九头蛇假扮神盾局的人闯入联合国总部，用一种神秘武器大肆杀害在场官员，随后沃德的哥哥克里斯蒂安议员欲借机打击神盾局。亨特、芭比、梅找到神秘武器的研发者探寻信息，却发现九头...
神盾局女特工死亡，尸体上却刻有方尖碑字符。神盾局特工追缉沃德，沃德不仅逃过追踪更活捉九头蛇的巴克希留给库尔森。凶手和死者的血液中都含有GH药剂，库尔森重启记忆机器想要找回遗...
斯凯的父亲投靠了九头蛇，并且将方尖碑的秘密告知怀特霍尔。通过翻阅卡特特工留下的文件，特工们发现怀特霍尔竟然成功的让自己返老还童。原来年迈的怀特霍尔离开监狱后得到一名长生...
方尖碑字符组成的城市就沉睡在海底，库尔森率领特工踏上了炸毁地下城的探寻之旅。斯凯和梅要带走雷纳，然而一名和梅长相一样，半边脸却毁容的33号特工不断与她们为敌。雷纳被带回神盾...
九头蛇派遣战斗机试图击落神盾局的飞机，梅巧妙的操控飞机躲过了袭击。沃德带斯凯和她的生父卡重逢，怀特霍尔却将他们三人都关押起来。卡脱身后立刻展开复仇，岂料怀特霍尔却被库尔...
斯凯获救后被单独隔离，她和大家都很怀念特里普。西蒙斯率众清理神庙，雷纳却趁机杀人逃出神庙。亨特假装内奸救走巴克希，然后设局致使九头蛇的领袖全部被杀。雷纳向卡求助，她显露...
仙宫女战士希弗失去记忆，她只记得要在地球上找出卡瓦。库尔森协助希弗寻人，竟然因此抓获一名克里星人。克里星人坦白同族在地球上制造转化人充当奴隶战士，这些转化人经过圣物方尖...
卡招揽了一些危险的异能者，并说服他们反对神盾局。斯凯加入异能者名单，梅请来前夫为她做心理评估。卡带走两名拥有特殊异能的人犯，然后设局将库尔森引诱到学校中，用无辜者的性命...
沃德协助33号特工卡娜修复了她脸上损毁的面具，卡娜借住面具可以随意变成任何人。卡娜爱上了沃德，她竟然变成斯凯的样子意图和沃德发生关系。斯凯的异能还是不够稳定，库尔森将她带去...
库尔森点破麦克是间谍，此时芭比偷窃富瑞留下的工具盒却被梅当场撞破。戈登造访安全屋，他希望斯凯能够回归他们的族群。神盾局沦陷日，富瑞授命芭比炸毁神盾局的船，神盾局指挥官冈...
